Как автор топика, прочитав кучи инфы, пообщавшись с людьми, подитожу:
Уголь может и помогает, но не сильно
Вымачивать от окраски бесполезно
Само со временем не пройдет
ВЫВОД: не кладите много мангровых коряг в аквариум.
Совет от людей занимающихся комерческой аквариумистикой - добавить сильно света, будет не так сильно бросаться в глаза.