Фильтр должен работать постоянно, мыть его не надо. Если не устраивает шум, поменяйте на внутренний (Tetra, Rena, Eheim - если денег не жалко), желательно с несколькими разными наполнителями (крупная губка, керамика, мелкая губка). Пусть поработает несколько дней на полной мощности, потом можно немного убавить. Воду менять раз в неделю: 10-15%, когда она очистится, можно снизить переодичность до 1 раза в 2 недели (если у вас конечно нет перенаселения).
P.S. Все будет хорошо
P.P.S. Если всетаки приспичит помыть фильтр, мойте в воде слитой из аквариума, что бы не убивать культуру бактерий которая там будет жить. И никаких моющих средств!